La obra presenta, desde su comienzo, un marco providencial y militante: unas voces celestiales anuncian que en Granada se fundará una casa y después un templo dedicados a María bajo la advocación de las Angustias, futura protectora de la ciudad y origen de un hospital. Frente a ese designio, el demonio se rebela, lamenta los triunfos del cristianismo tras la conquista de Granada y decide impedir el culto mariano sembrando violencia entre los moriscos. Para ello toma simbólicamente la forma o el influjo de Farax Abenfarax, noble avencerraje ambicioso y cruel, y lo impulsa a promover una sublevación general. Farax reúne a los suyos, denuncia las pragmáticas que prohíben lengua, trajes y costumbres moriscas, y propone un levantamiento apoyado por las Alpujarras, la Vega y posibles socorros africanos. Paralelamente, se introduce el ámbito devoto y popular de la ermita de las Angustias, donde el gracioso Tálego ejerce de sacristán entre burlas sobre limosnas y oficios. A ese lugar llegan dos peregrinos de Celi y Toledo, que declaran venir por mandato de Nuestra Señora y dejan allí, de manera milagrosa, una imagen dolorosa de María; al descubrirla, Tálego reconoce el prodigio y la proclama futura patrona de Granada. Mientras tanto, en el plano político y bélico, la rebelión morisca avanza: don Fernando de Valor, enamorado de Zoraya y movido también por su resentimiento, se suma al alzamiento y acaba proclamándose Abenhumeya, rey de las Alpujarras, tras una pugna de precedencia con Farax que se resuelve nombrando al primero rey y al segundo justicia mayor o principal brazo ejecutor del movimiento.
La segunda parte desarrolla a la vez la expansión de la rebelión y sus estragos sobre la población cristiana, junto con la consolidación del culto a la Virgen. Antes del estallido pleno de la violencia, se muestra a don Diego, morisco noble, pretendiendo a doña María de Solís en Guecíjar; ella lo rechaza con prudencia y le refiere la reciente aparición y devoción de la imagen de las Angustias en Granada. Poco después, los monfíes y moriscos rebeldes caen sobre la comarca, obligan a los cristianos a buscar refugio y desencadenan un ciclo de robos, incendios, profanaciones y matanzas. El marqués de Mondéjar organiza la respuesta militar cristiana, mientras Tálego sigue ligado a la ermita. Farax, informado de que Granada se halla vigilada, desiste de un golpe mayor sobre la ciudad y decide asaltar la humilde ermita-hospital de las Angustias para robarla y profanarla; engaña a Tálego para que abra, pero una intervención sobrenatural de dos defensores celestes frustra el sacrilegio, de modo que el lugar queda milagrosamente protegido aunque el sacristán es llevado cautivo. En otro hilo argumental, Zoraya, ya unida a Abenhumeya, descubre o recuerda que este estaba casado con doña Beatriz de Rojas y se siente traicionada en su honra; por ello decide vengarse y empieza a tramar su ruina. La violencia de la guerra se concreta en el testimonio de doña María de Solís, que cuenta con detalle la toma de Guecíjar, el incendio de una torre donde se refugiaban cristianos, el cautiverio de los supervivientes y el martirio de su padre, Luis de Solís Montesino, brutalmente descuartizado por los rebeldes. A la vez, las armas cristianas recuperan posiciones: Mondéjar vence en varias acciones, y durante la derrota de Júbiles una cristiana libera a Zoraya, que escapa gracias a la ayuda de su primo Diego. Tálego, por su parte, logra huir y da noticia al marqués del estado de las Guájaras, contribuyendo con ello a una nueva victoria atribuida al amparo de la Virgen de las Angustias.
En la tercera jornada convergen las intrigas personales, la conversión final del caudillo rebelde y la institucionalización del culto granadino. Zoraya confía a su primo Diego cómo Abenhumeya la sedujo con promesas de matrimonio, la deshonró y luego confesó estar ya casado; resuelta a lavar con sangre la ofensa, persuade a Diego para que lo mate. Introducidos ambos en el palacio de Órgiva u otro lugar de residencia del rey rebelde que el texto no permite fijar con total seguridad, Diego intenta apuñalarlo, pero Abenhumeya descubre el golpe reflejado en un espejo. Zoraya salva momentáneamente la situación fingiendo gratitud hacia Diego por haberla rescatado antes del cautiverio cristiano, y el rey, lejos de castigarlo, lo premia con mando militar. Sin embargo, Abenhumeya confiesa haber soñado con María de las Angustias, entronizada y exhortándolo a abandonar la secta y seguir la fe de Cristo, anuncio que prepara su desenlace espiritual. Poco después llega don Juan de Austria a Granada para asumir la gran campaña contra los rebeldes; escucha la súplica de doña María de Solís, quien le expone los crímenes cometidos y le narra el origen de la imagen de las Angustias: copia vinculada a la devoción toledana, traída por los Reyes Católicos, depositada primero en la ermita de las Vírgenes entre Genil y Dauro, y reconocida milagrosamente cuando dos peregrinos la dejaron velada ante Alonso de Bustos. Don Juan jura vengar la ofensa a Dios y a la fe, reparte los mandos, toma por estandarte la efigie de la Virgen y emprende la campaña decisiva. En el campo morisco, Abenhumeya intenta también reducir a Farax mediante engaño, pero la guerra precipita el derrumbe rebelde: las tropas cristianas vencen, Galera cae tras sangriento asalto y Farax muere, atribuyendo su derrota al poder del nombre y la imagen de María. Abenhumeya, perseguido y abandonado, invoca a la Virgen de las Angustias, pide confesión y muere como católico, según declara la obra. El desenlace regresa a Granada, donde don Juan participa en la traslación de la imagen desde la ermita a su nueva casa-hospital, concede terreno, inmunidades y hermandad real al santuario, y queda así vinculada la pacificación del reino con el triunfo devocional de la Patrona de Granada.