La obra comienza en el entorno cortesano de Madrid, probablemente en las cercanías de la Casa de Campo, adonde llega don Tiburcio acompañado de su criado Pajarillo tras volver de la guerra para gestionar en la Corte el reconocimiento de sus servicios militares. Su primera preocupación es reencontrarse con doña Juana, a quien ama, mientras su amigo don Feliciano lo recibe y lo conduce a casa de su hermana doña Rosa. Allí don Tiburcio expone su brillante carrera militar, llena de campañas, heridas, ascensos y méritos navales y terrestres, lo que lo presenta como soldado famoso y ambicioso en el buen sentido del honor. Paralelamente se perfila una red amorosa y cortesana: doña Rosa trata con reserva a don Fausto, que la corteja, y surgen celos y malentendidos por un episodio ocurrido en la Casa de Campo, donde unas damas tapadas pidieron auxilio a varios soldados frente a un galán insistente. Don Fausto, comprometido en ese lance, niega o disimula su conducta, pero Chacona revela a doña Rosa que él fue uno de los implicados, con lo que se agrava la desconfianza amorosa. Mientras tanto, don Tiburcio intenta ver a doña Juana y moverse entre las obligaciones del honor, los afectos y la vida urbana madrileña.
La situación se complica cuando don Tiburcio y sus acompañantes se ven envueltos en nuevos altercados nocturnos con la justicia y con otros hombres armados. En una de esas confusas refriegas callejeras, don Tiburcio resulta gravemente herido en la cabeza. Ese golpe marca el giro decisivo de la comedia: según se cuenta al iniciarse la segunda jornada, el desengaño producido por la herida lo aparta del mundo y lo lleva a tomar el hábito franciscano reformado, ya como lego capuchino bajo el nombre de fray Francisco. Su conversión asombra a sus allegados, pues el antiguo soldado altivo, valiente y galante pasa a ser ejemplo de humildad, ayuno, oración y caridad. Resuelto a ir a las Indias en misión, se despide de su familia y emprende el viaje con Pajarillo, también incorporado al estado religioso de forma subordinada y cómica. En esta misma parte continúa el conflicto amoroso de Madrid: don Fausto, celoso por la presencia de don Feliciano y por los equívocos que rodean a doña Rosa, desafía a este a duelo sin aclarar del todo el motivo. La mediación de don Miguel y una carta urgente de doña Rosa suspenden el combate y permiten que empiece a aclararse el enredo, aunque su resolución completa se reserva para el final.
La tercera parte traslada la acción principal a un espacio insular americano o asiático no identificado con plena seguridad en el texto conservado, gobernado por Zulamí y la sultana Belicema, donde fray Francisco desarrolla una labor misionera extraordinaria. Allí convierte a numerosos naturales, instruye en secreto a personajes principales como Turbique y Anarca, obra prodigios y se enfrenta a la resistencia de sectores paganos que acusan a los cristianos de alterar el reino. En un episodio central, resucita a un niño y en otro provoca la conversión de Anarca al mostrar milagrosamente la sangre de los pobres oprimidos; más tarde, una voz celestial le ordena regresar a la isla cuando intentaba partir, confirmando su misión. Ante una revuelta contra los convertidos, fray Francisco desenmascara a un acusador y sostiene la fe de Zulamí y Belicema, que ya han recibido o desean recibir el bautismo. Sin embargo, la obediencia religiosa le obliga finalmente a salir de aquel reino. Ya de vuelta la acción a España, se sabe por don Francisco Maldonado que el misionero murió santamente durante el viaje, dejando fama inmensa de milagros y obediencia. La noticia transforma su memoria en ejemplo de santidad para su linaje. A la vez, los conflictos sentimentales se cierran: doña Juana ha tomado el hábito carmelita, y don Fausto, ya libre de sus celos tras haberse aclarado el malentendido con doña Rosa y don Feliciano, pide la mano de doña Rosa, que acepta. La comedia concluye exaltando a fray Francisco de Pamplona, antiguo don Tiburcio, como gloria religiosa y honor de Navarra y de España.