La acción se abre en los montes cercanos a Toledo, donde trabajan juntos, en condición subalterna, un hebreo, un moro y un extranjero albigense o hereje francés. Los dos primeros lamentan la esclavitud y humillación de sus respectivas comunidades, obligadas a colaborar en la construcción de un gran templo cristiano, mientras el tercero, recién llegado de Francia, explica que huye de la persecución contra los albigenses y busca en Castilla un lugar donde prosperar. El hebreo y el moro le informan entonces de la situación del reino y, sobre todo, de la figura de Fernando III, presentado como rey ejemplar, piadoso y guerrero, que se halla en Toledo preparando nuevas campañas contra los musulmanes y, al mismo tiempo, derribando la antigua mezquita para erigir una gran iglesia. En ese contexto de obras y expectativas, el propio Fernando aparece entre los trabajadores con trato cercano y misericordioso. Durante las labores de extracción de piedra se descubre dentro de una peña un libro de madera con inscripciones en latín, hebreo y griego, hallazgo prodigioso que pronto se convierte en el centro dramático de la acción.
El extranjero traduce la parte latina, que anuncia el nacimiento de Cristo de una Virgen intacta; el hebreo lee luego la hebrea, donde se profetiza la pasión de Cristo a manos del pueblo judío; y el moro interpreta la griega, según la cual la profecía quedará oculta hasta que nazca en Castilla un rey llamado Fernando. El descubrimiento conmueve de modo distinto a cada personaje: Fernando lo recibe con humildad y como una llamada divina a restaurar templos y defender la fe; el hebreo queda profundamente impresionado por la caridad del monarca; y las tres figuras negativas, Hebraísmo, Alcorán y Apostasía, pasan a asumirse también como alegorías de Caridad, Esperanza y Fe en conflicto espiritual. El hebreo, movido por el ejemplo del rey más que por premio alguno, pide públicamente el bautismo y arrastra consigo a otros miembros de su comunidad, en una gran procesión hacia la iglesia en la que Fernando actúa como padrino. Paralelamente, el moro y el albigense pactan resistir: el primero se propone movilizar a los poderes islámicos del sur contra los proyectos militares del rey, y el segundo persiste en su herejía. Cuando este intenta agredir al hebreo convertido, Fernando interviene, descubre su condición de albigense y, tras intentar sin éxito su reducción por medio de la Religión representada por santo Domingo, ordena proceder contra él con severidad ejemplar.
La segunda mitad de la obra intensifica la dimensión político-religiosa del auto. Fernando, acompañado de Domingo y de las virtudes teologales alegóricamente activas en la acción, hace sustanciar la causa del albigense y decide castigar su obstinación en un auto de fe, presentándose él mismo como primer ministro del castigo y cargando leña para la hoguera, gesto que el texto convierte en signo extremo de celo religioso y de unión entre poder real y defensa doctrinal. Mientras tanto, el moro observa con temor el triunfo alterno de la Caridad, que convierte al hebreo, y de la Fe, que condena al hereje, pero sigue confiando en la Esperanza de sus correligionarios musulmanes. Esa expectativa se reactiva cuando llega un mensajero con noticias gravísimas: Almanzor ha violado la tregua, ha saqueado Santiago de Compostela y ha profanado su templo, llevándose incluso las campanas a Córdoba. Sumido en oración y desconsuelo, Fernando recibe entonces una visión en la que se le aparecen los santos Leandro e Isidoro, junto con las virtudes alegóricas, que lo animan a emprender la restauración de España y a conquistar Sevilla y Córdoba, ofreciéndole simbólicamente oliva, cruz y espada. Finalmente, mientras suenan cajas y trompetas por la llegada de las tropas convocadas, el rey abandona el trabajo de las obras para ponerse al frente del ejército. El auto concluye anunciando que los triunfos de la Esperanza, ligados a la empresa militar de Fernando contra el islam, se desarrollarán en una segunda parte, mientras el enemigo musulmán prepara nuevas maquinaciones.