La obra presenta desde el comienzo una historia providencial y trágica centrada en Judas, combinando personajes humanos con figuras alegóricas del mal. Un rey y una reina lamentan no tener descendencia, mientras otros personajes insisten en que Dios sabe qué conviene mejor al ser humano. Paralelamente, Simón Hebreo y su mujer Ceborea esperan un hijo. Durante el embarazo, Ceborea sueña que dará a luz a un niño perverso, llevado por un demonio al desierto y colgado de un árbol como traidor. El sueño provoca espanto en ambos padres, hasta el punto de considerar que la criatura debe morir para evitar males futuros. En ese momento intervienen Lucifer y la Envidia, que celebran la ocasión, nombran al niño Judas y se proponen guiar su destino hacia la perdición. Simón, movido por el miedo y por la interpretación funesta del sueño, decide apartar al recién nacido y dejarlo en un paraje solitario cercano, según se infiere, a Jerusalén. Allí lo encuentra la reina, que, conmovida por su abandono y por su propia esterilidad, lo recoge y lo adopta como hijo, introduciéndolo en el ámbito palaciego y destinándolo a la sucesión real.
Ya crecido, Judas se convierte en motivo de discordia en la corte. El texto conservado lo muestra favorecido por la reina, pero también inclinado a la violencia, al desorden y al abuso. Varias damas denuncian agresiones y deshonras causadas por él, y su presencia altera la vida palaciega. La situación se agrava con su enemistad hacia Tindoro, príncipe e hijo legítimo de la reina, cuyo nacimiento desplaza la posición privilegiada del adoptado. Judas, resentido por la pérdida de favor y movido por la Envidia, mata a Tindoro a puñaladas y huye. En su fuga entra al servicio de Pilatos, ocultando inicialmente su identidad. Más adelante, en una secuencia de gran intensidad trágica, vuelve sin saberlo a la casa de sus verdaderos padres, roba fruta del huerto familiar y, en la disputa, mata a su propio padre, Simón. Llevado el caso ante Pilatos, Ceborea identifica al homicida y, en una resolución degradante y violenta, acaba casándose con Judas por imposición o conveniencia dictada por Pilatos. Solo después, cuando ella le refiere la antigua pérdida de un hijo abandonado llamado Judas, ambos descubren que él es precisamente ese niño: el protagonista comprende entonces que ha matado a su padre y ha vivido unido a su madre, cumpliéndose así el anuncio terrible del sueño inicial.
Tras el reconocimiento, Ceborea no niega la enormidad del pecado, pero insiste en la posibilidad del perdón divino y orienta a Judas hacia Cristo, cuya clemencia se evoca con ejemplos de pecadores perdonados. Judas, arrepentido, se acerca a Jesús y es recibido entre sus discípulos; incluso se le confía la bolsa y el cuidado de las limosnas, señal de una confianza inicial. Sin embargo, Lucifer envía ahora a la Codicia para completar la ruina que antes habían preparado la Envidia y la Ira. Judas se deja corromper por el dinero y, ofendido por la pérdida de un provecho material, decide vender a su maestro. La obra dramatiza así la traición por treinta dineros y la entrega de Cristo en Getsemaní. Después del prendimiento, Judas comprende la gravedad de lo hecho, reconoce haber vendido sangre justa e intenta deshacer el trato devolviendo el dinero; pero el texto muestra que ya no acoge de manera efectiva la misericordia que antes se le había ofrecido. Desesperado, se ahorca y revienta colgado de un árbol, cumpliéndose la imagen anticipada por el sueño materno. El auto concluye con la victoria aparente de los demonios sobre su alma y con una lección moral centrada en la cadena del pecado, la libertad humana y el rechazo final de la gracia disponible.