La acción se abre en el condado de Portugal, donde Alfonso Enríquez se ha alzado contra su madre, la condesa doña Teresa de Castilla, a quien mantiene presa mientras disputa el gobierno del territorio y combate a su esposo, el conde de Trastámara, Fernán Páez. En la primera batalla, Alfonso derrota a las fuerzas de su padrastro, que huye con ayuda de su criado Payo Gutiérrez y se dirige a Castilla para solicitar amparo del emperador Alfonso VII, hermano de Teresa. Tras la victoria, Egas Moniz, ayo y consejero del joven conde, reprende con dureza a Alfonso por haber hecho guerra a su propia madre sin consultar al consejo ni medir las consecuencias políticas y morales de su conducta. El enfrentamiento entre ambos muestra ya el núcleo del conflicto: la ambición de Alfonso por gobernar por sí mismo, su soberbia y su resistencia a cualquier freno. Paralelamente, en la corte portuguesa se desarrolla otro foco de tensión: Alfonso pretende a doña Inés de Castro, esposa de Egas Moniz, a pesar de su rechazo firme y razonado. Inés defiende su honra, le exige que cese en sus visitas, músicas y galanteos, y deja claro que su fidelidad conyugal no puede ser quebrantada.
Mientras Teresa sigue encerrada y lamenta tanto la violencia de su hijo como la posible suerte de su marido, Inés logra entrar en la torre y urde su fuga, disfrazando a la condesa para sacarla con ayuda de Elvira y de Payo Gutiérrez. El plan tiene éxito, aunque Alfonso descubre demasiado tarde que ha sido engañado. Poco después se desencadena una nueva guerra: el emperador de Castilla entra en Portugal para castigar la desobediencia de su sobrino y vengar la afrenta hecha a su hermana. Se libra una gran batalla en la que Alfonso Enríquez es derrotado y queda en peligro, pero Egas Moniz lo salva de caer prisionero y trata luego de encaminarlo hacia la reconciliación. En el ámbito privado, Alfonso persiste en su pasión por Inés y, aprovechando como pretexto su participación en la fuga de Teresa, manda prenderla y encerrarla en una quinta apartada. Allí intenta acercarse de nuevo a ella, pero Inés resiste con energía y Egas, indignado al comprender el alcance de la amenaza contra su honor, decide desnaturalizarse y pasar a Castilla si fuera preciso. Antes de que esto se consume, una situación extrema precipita el desenlace doméstico: se produce un incendio en la quinta, Alfonso acude a socorrer a Inés, pero ella rehúsa entregarse a sus brazos; quien finalmente la rescata es su esposo, reafirmando públicamente la legitimidad del vínculo y agravando el descrédito moral del conde.
En la tercera jornada el conflicto político y espiritual alcanza su punto decisivo. Alfonso, irritado por la posible marcha de Egas Moniz y por la hostilidad del emperador, recibe en sueños o visión a la sombra de su padre, que le reprocha sus guerras civiles y le ordena volver sus armas contra los moros, pues solo así podrá alcanzar verdadera gloria y fundar un reino duradero. Conmovido, Alfonso se arrepiente de sus excesos, pide perdón a Egas y hace voto de no desarmarse hasta expulsar del territorio al infiel. Mientras el emperador se acerca a Santarén, Egas y doña Inés comparecen ante él con dogales al cuello para asumir la culpa de la ruptura de las paces y suplicarle perdón para Alfonso, alegando además que este ha salido a enfrentarse al rey moro Ismael de Badajoz y a otros cuatro reyes musulmanes que invaden Portugal. El emperador, movido por la lealtad de Egas, renuncia a castigar al reino y se dispone a socorrer a su sobrino; sin embargo, cuando llega la noticia del combate, Alfonso aparece ya vencedor. Relata entonces que, retirado a orar antes de la batalla, Cristo crucificado se le manifestó, le prometió la victoria y le señaló las armas de las cinco llagas y los treinta dineros. Gracias a ese auxilio divino derrota a Ismael, es aclamado rey y recibe finalmente del emperador la confirmación de su dignidad. La obra concluye con la restauración del orden político, el perdón entre los personajes principales y la proclamación de que Alfonso ha sabido “obligar a Dios” mediante penitencia, fe y defensa de la cristiandad para llegar a ser rey.