La obra comienza con la llegada a una costa del reino de Málaga de dos presos, un conde y Clenarda, conducidos por orden real y abandonados para que padezcan una pena que parece nacida menos de un delito cierto que de la pasión del monarca. El conde explica que el rey, enamorado también de Clenarda, castigó a ambos porque ella rechazó sus pretensiones y se mantuvo fiel a su amado. Perdidos y expuestos al peligro, son hallados por otro rey fronterizo que andaba de caza con su hermana, la infanta Lucinda, y con su séquito. Aunque los cautivos fingen ser mercaderes robados para ocultar su identidad, su noble porte despierta sospechas. El rey los libera de sus ataduras, los lleva a palacio y queda profundamente atraído por Clenarda; Lucinda, por su parte, empieza a inclinarse amorosamente hacia el supuesto hermano de la joven. Mientras tanto, el gracioso Benito y otros cortesanos advierten que el reino se descuida por las fiestas y los amores, al tiempo que el moro Mostafá amenaza la frontera y reta al rey, que se muestra dividido entre sus obligaciones militares y su nueva pasión.
Ya en la corte, el rey favorece de modo extraordinario a los recién llegados: convierte al conde en almirante y le concede rentas y honores para prepararlo como esposo de su hermana, pero en realidad busca así allanar el camino para obtener a Clenarda. La intriga amorosa se complica porque Lucinda declara abiertamente su amor al conde, sin saber al principio que Clenarda no es su hermana sino su esposa. Paralelamente, el rey acosa a Clenarda con promesas de matrimonio y de elevación social; ella resiste con notable firmeza, discute la falsedad del amor interesado y, para ganar tiempo, remite cualquier decisión al parecer de su marido. Cuando el conde decide revelar la verdad y confiesa que Clenarda es su mujer y no su hermana, el rey se siente engañado, los acusa de ingratos y ordena su destierro, aunque les deja las riquezas recibidas, afirmando que hace bien sin mirar a quién. Ofendidos pero aún agradecidos por los beneficios recibidos, los dos esposos huyen con sus joyas y caudales justamente cuando la guerra con los moros se agrava. En ese trance, lejos de aprovecharse del desorden, entregan su dinero para pagar a soldados hambrientos y amotinados, reorganizan la defensa y contribuyen decisivamente a levantar el cerco enemigo, mostrando con hechos su nobleza y lealtad.
La tercera jornada amplía el conflicto bélico y sentimental con nuevas capturas y reconocimientos. En el campo moro, el rey enemigo recibe a la cautiva Belisarda y se informa de que el desterrado Lisandro —nombre que ahora se precisa para el conde— ha salvado el reino cristiano; al mismo tiempo, el duque, primo del rey, muere a manos de Mostafá y Zulema tras escapar de su prisión. Clorindo, rey cristiano fronterizo, y su hermana Belisarda caen luego en poder de los moros durante la guerra. Lisandro, oculto y disfrazado, sigue combatiendo por el reino que lo desterró; Clenarda también actúa con energía, captura a Belisarda y a Benito cuando intentaban pasar por cristianos, y se suma así a la restauración del orden. Finalmente, Lisandro derrota en combate a los principales caudillos moros, prende a Clorindo y luego lo libera, devolviéndole su reino sin pedir recompensa territorial. Entonces se descubre plenamente su identidad y expone que, aunque fue maltratado por amor, quiso agradecer el bien recibido con servicios verdaderos. El desenlace reconcilia a los personajes: Lisandro queda unido a Clenarda; Clorindo y Lucinda, que se han enamorado recíprocamente durante la campaña, reciben también su salida matrimonial; y Belisarda entra en la concordia final. La conclusión subraya que el bien hecho sin cálculo termina siendo reconocido, mientras que la ingratitud y el abuso amoroso quedan corregidos por la experiencia, la guerra y el restablecimiento de la justicia.