La obra comienza en Mérida, donde Juan de Mérida, hombre negro y libre, sufre burlas y desprecios por su color cuando intenta asentarse como soldado para servir al rey en Flandes. En una disputa con soldados y oficiales, se refugia en casa de don Pedro, donde lo ampara doña Leonor, hija de la casa, que le salva de un castigo grave. Paralelamente llega don Agustín, caballero y soldado destinado a partir con el duque de Alba a Flandes. Entre él y Leonor se reaviva un antiguo proyecto matrimonial que él antes había desatendido; ahora, movido por la belleza y proximidad de la joven, le promete casamiento y le da palabra escrita para asegurar que permanecerá en Mérida. Sin embargo, poco después falta a su compromiso y marcha secretamente con su compañía. La traición deja a Leonor deshonrada y desesperada, y ella decide seguirlo disfrazada de paje, con ayuda de su criada y recurriendo al engaño para perseguir al hombre que la ha burlado. Por su parte, Juan, humillado por la sociedad de su ciudad y animado por su afán de honra, abandona la casa donde servía y parte también hacia Lisboa para embarcarse rumbo a Flandes, confiando en que el valor pueda ennoblecer lo que el mundo menosprecia.
Ya en Flandes, en el entorno militar del duque de Alba, Juan vuelve a sufrir el rechazo de soldados y mandos por ser negro, pero logra acercarse al duque y pedirle una ocasión para probar su mérito. El general, reconociendo su resolución, le encarga una acción peligrosa. Don Agustín recibe la misma misión, pero Juan, movido a la vez por la ambición de honra y por su enemistad con él, sale también de noche, se disfraza y logra sorprender a Agustín en el campo enemigo, quitándole una banda como despojo. Después captura soldados y armas, presenta pruebas de su hazaña y obtiene por fin plaza en el ejército, recibiendo del duque un nuevo nombre, Juan de Alba, símbolo de la honra adquirida bajo su protección. Desde entonces su ascenso es rápido: vence a quienes lo envidian, arrebata una alabarda a un sargento que desprecia su condición, destaca en nuevas acciones y llega a ser sargento, alférez y luego capitán. Mientras tanto, Leonor, disfrazada de paje, se introduce en su entorno y acaba sirviendo a don Agustín sin ser reconocida, observando de cerca su falsedad. La conducta del caballero queda más comprometida cuando recibe cartas de España que le ofrecen un matrimonio más ventajoso con doña Juana de Vera; entonces confiesa a un compañero que piensa abandonar definitivamente a Leonor, a quien considera ya solo una aventura pasada.
El punto culminante de la fama de Juan llega durante una retirada invernal, cuando, en la noche de Navidad, se introduce en el campo enemigo y captura al propio príncipe de Orange, entregándolo al duque de Alba. La acción provoca admiración general, mejora las condiciones militares para los españoles y hace que incluso el enemigo reconozca su extraordinario valor. Juan reparte con generosidad el rescate, prefiere como premio la espada del vencido y alcanza nuevas dignidades. Más tarde pasa a la corte, donde pese a nuevos episodios de burla acaba siendo presentado ante el rey, quien lo honra públicamente, le concede renta y lo hace maestre de campo general. Con este prestigio regresa a Mérida provisto de autoridad para impedir la boda de don Agustín con doña Juana. Allí se descubre finalmente que el paje que había acompañado la acción era Leonor; Juan la protege, obliga a Agustín a reconocer la palabra dada y a casarse con ella, restaurando así su honra. Al mismo tiempo perdona con nobleza a quienes antes lo despreciaron, integra a don Agustín en su tercio y recibe el reconocimiento de su antigua casa y de su madre. La comedia concluye con la exaltación de una verdad repetida en toda la obra: la nobleza y el valor no dependen del color, sino de las obras.