La obra comienza con una trama cortesana y amorosa en la que varios caballeros exponen sus afectos: Lidoro ama a Beliza, Felicio pretende a Leonor y Pedro, al principio, rechaza con soberbia toda sujeción amorosa. Paralelamente, se introduce una dimensión espiritual cuando aparece Lusbel, figura infernal que se muestra inquieta ante un hombre al que las voces celestes anuncian como “temor del Infierno”, “desprecio del mundo” y “prodigio de España”. Ese hombre es Pedro, favorecido por el Papa con el cargo de deán y entregado a la vanidad de galas, honras y ostentación pública. Mientras tanto, en el ámbito amoroso, Beliza confiesa a su criada Lizarda que, aunque había correspondido a Lidoro, ha quedado súbitamente enamorada de Pedro tras encontrarlo en el campo durante una jornada de caza. Ese encuentro, breve pero decisivo, la deja dividida entre la gratitud debida a Lidoro y la pasión nueva que la arrastra hacia Pedro. Cuando Lidoro la visita y percibe su mudanza, ella no logra sostener ya la antigua firmeza, y el galán sale agraviado, decidido a averiguar la causa de su desvío.
El giro principal se produce cuando Pedro, en plena exhibición pública de su nueva dignidad, cae del caballo al lodo. Ese accidente actúa como desengaño moral: Pedro reconoce la falsedad del mundo, se arrepiente de su soberbia y pide perdón a Dios. A partir de ese momento comienza su conversión, combatida de inmediato por el demonio, que intenta persuadirlo con argumentos de desesperación y predestinación; sin embargo, Pedro resiste apoyándose en la misericordia divina, en la Virgen y en la llamada a ingresar en la orden de Santo Domingo. Su nueva vida religiosa lo convierte en fray Pedro, y desde esa posición obra como confesor, exorcista y guía espiritual. En paralelo, los enredos amorosos se complican: Laurino declara a Lidoro que ama a Beliza, y Lidoro, por lealtad amistosa, promete no oponerse a ese afecto, aunque ello le cause un profundo dolor. A su vez, Felicio sigue pretendiendo a Leonor; Leonor se muestra contradictoria, pues dice aborrecerlo aunque en realidad lo ama. Beliza, furiosa por haber interpretado como traición la conducta de Lidoro respecto de Laurino, lo increpa con violencia. Poco después, en un lugar solitario, una emboscada y una confusión de identidades desembocan en un enfrentamiento entre Lidoro, Felicio y Beliza. La tensión amorosa y de honor está a punto de resolverse por la fuerza, pero fray Pedro interviene y logra imponer la reconciliación entre los caballeros. En otro episodio central, una mujer llega a confesarse con fray Pedro movida más por deseo desordenado que por verdadera penitencia; el fraile la desenmascara llevándola simbólicamente al borde de su perdición y consigue que se arrepienta de verdad, reafirmando así su santidad y su condición de instrumento de salvación.
La tercera jornada consolida la fama milagrosa de fray Pedro. Durante una tempestad marina, su invocación obtiene la calma del mar y salva a los navegantes, aunque él atribuye el favor a Dios y a la Virgen. Entretanto, Lidoro recibe una carta de Laurino, que lo desafía por sospechas relacionadas con Beliza; en la entrevista subsiguiente, ambos aclaran parcialmente su conflicto. Se descubre además que Laurino está casado con Leonor, pero que, pese a reconocer en ella mayor hermosura, se siente inclinado por Beliza “por simpatía” o influencia de la estrella. Leonor, ofendida por esa situación, padece el desvío de su esposo, aunque finalmente Laurino promete atender a su decoro y reconocerla como esposa legítima. En otro episodio, el demonio, disfrazado de forastero llamado Ludovico, intenta sembrar celos y sospechas entre Felicio y Lidoro mediante una falsa historia de adulterio y fuga, pero fray Pedro descubre y deshace el engaño, y el maligno termina precipitado de nuevo en su derrota. Ya en la parte final, fray Pedro se entrega a una vida de penitencia, oración y milagros: socorre a sus compañeros, multiplica providencialmente el alimento para Timoteo y Marino, y atrae a la conversión incluso a personajes antes frívolos o apartados. Enfermo y próximo a la muerte, no puede morir en su convento y es acogido en casa de Lidoro, quien considera honra suprema albergar al ya reconocido “gran prodigio de España”. Antes de expirar, fray Pedro entrega como recuerdo su cíngulo, signo de pobreza y santidad, y su muerte es celebrada por voces angélicas. La comedia concluye así uniendo dos ejes: la glorificación religiosa de fray Pedro como santo dominico y la exaltación de la lealtad de Lidoro, cuya amistad y servicio acompañan hasta el final la trayectoria del protagonista santo.