La obra se abre en Escocia con la despedida de Jorge Lesleo y su prima Aurora, que se aman y están destinados al matrimonio. Jorge debe partir a París por mandato de su padre, Jacobo Lesleo, para cumplir la cláusula testamentaria de su madre difunta, que condiciona la herencia a sus estudios en Francia. Aurora interpreta la partida como una amenaza para su amor, pero Jorge insiste en que la ausencia busca precisamente asegurar su futuro común. Paralelamente se introduce a Enrique, íntimo amigo de Jorge, quien en realidad es católico secreto en un entorno dominado por la ley de Calvino. Aprovechando el sueño de Jorge, Enrique sustituye un libro herético por una vida de san Francisco, con la esperanza de iniciar su conversión. El cambio provoca la ira de Jacobo, que sospecha que su hijo ha sido contaminado por el cristianismo romano; aunque al principio comprueba que Jorge sigue leyendo doctrina calvinista, la presencia del otro libro aviva su recelo. Cuando Jorge se despierta, el malentendido crece: el padre cree descubrir indicios de desviación religiosa, Jorge se indigna ante las sospechas, y Enrique, temeroso de que Jacobo llegue a matar a su amigo, intenta apartarlo del peligro y acompañarle a París junto con Carlos, otro amigo de la familia, también sectario y más afín al calvinismo.
Ya en París, la tensión anterior desemboca en tragedia. Jacobo, convencido de que Enrique ha intentado apartar a su hijo de la fe que ambos profesan, entra ocultamente en el cuarto de Jorge para matarlo, pero encuentra allí a Enrique y le da muerte. Jorge descubre entonces que ha perdido al amigo a quien más quería y queda devastado, sin comprender del todo cómo aquel compañero tan íntimo podía ser católico. Carlos procura ocupar el lugar del muerto en su ánimo y se presenta como amigo fiel, mientras en torno a ellos se desarrollan enredos secundarios amorosos y cómicos en el espacio doméstico parisino. Sin embargo, el centro de la acción pasa al conflicto espiritual de Jorge. El espectro de Enrique se le aparece repetidas veces: primero para advertirle de la falsedad de las doctrinas de Arrio, Lutero y Calvino, y luego para salvarle de un peligro inmediato. Jorge, enamorado en París de una dama cuyo nombre e identidad ignora, acude de noche a una cita secreta; Enrique le revela que la mujer es Blanca, hermana de Carlos, y que todo forma parte de una emboscada en la que Carlos pretende matarlo para vengar un supuesto agravio de honor. Jorge presencia cómo el disparo dirigido contra él hiere en cambio al propio Carlos, o al menos frustra de forma decisiva su amistad con él, y comprende entonces que el muerto le ha protegido mejor que el vivo. Convencido por las apariciones, por el ejemplo de Enrique y por la intervención de san Francisco, Jorge abandona de secreto a sus antiguos compañeros y viaja a Roma, donde abjura de la herejía y toma el hábito capuchino con el nombre de fray Arcángelo.
En la última parte, ya transformado en capuchino escocés, Jorge regresa a su patria con intención de convertir a su padre. Lo acompaña fray Pierres, figura cómica que sirve de contrapunto al tono devoto. En Aberdón, Aurora y Jacobo viven sumidos en el dolor: ella lamenta la pérdida del amado y él, aunque colérico, sufre por el hijo ausente que se ha hecho católico. Arcángelo entra disfrazado en la casa paterna y entrega una carta, provocando una escena de reconocimiento equívoco en la que Jacobo, llevado por el afecto, entrevé en él a Jorge. El hijo intenta convencerlo de que abrace la fe cristiana romana; el padre vacila, llora y parece conmoverse, pero las autoridades calvinistas irrumpen para prender al “papista”, de modo que Arcángelo debe huir. Guiado de nuevo por el auxilio sobrenatural de Enrique, se refugia en un monte cercano, adonde llegan también Jacobo y Aurora, expulsados de Aberdón por haberlo acogido. Allí Jorge revela por completo su identidad y narra su proceso de conversión: la amistad con Enrique, el crimen del padre, las apariciones del amigo muerto, el viaje a Roma y la protección de san Francisco. En el clímax final se manifiestan signos celestiales y la visión de Enrique y del santo confirma la verdad de sus palabras. Jacobo se arrepiente del homicidio y se declara cristiano, pidiendo ser hijo espiritual de san Francisco; Aurora decide ingresar en religión; y el cielo restituye además la hacienda perdida de la familia. Jorge recibe orden de partir a Montegiorgio como guardián, con lo que la obra concluye exaltando que el mejor amigo ha sido el muerto, cuya lealtad perdura más allá de la vida y conduce a la salvación de los suyos.