La obra presenta primero a Francisco, llamado familiarmente Fran, en su ambiente rural de origen, probablemente en la zona de Villapalacios y Alcaraz. Se le retrata como un mozo rústico, de extrema simplicidad e inocencia, incapaz para las labores ordinarias del campo, aunque dotado de una espontánea piedad. Mientras intenta cortar leña y dialoga ingenuamente con árboles y caminantes, hiere por accidente a un guarda del monte con una pedrada lanzada con honda. Su familia, temiendo las consecuencias, decide apartarlo del lugar y enviarlo a Alcalá para protegerlo. Ya en la ciudad, Francisco busca un “acomodo” y pasa primero por el servicio de una iglesia, donde su torpeza le impide desempeñarse como sacristán. Despedido y desamparado, interpreta una exhortación piadosa como llamada a servir a muchos pobres para agradar a Dios, y consigue así entrar en el hospital. Ese ingreso, especialmente significativo porque ocurre en torno a la Navidad, orienta de manera definitiva su vida hacia el servicio caritativo y la devoción al Niño Jesús.
En la segunda parte se muestra la transformación de Francisco en el hospital de Alcalá, donde su santidad empieza a ser reconocida públicamente. Aunque sigue siendo simple en el trato y poco apto para la medicina reglada, atiende a los enfermos con paciencia, les da de comer y obra curaciones que los demás atribuyen al favor divino. Su fama crece por las limosnas, por la ayuda a estudiantes, viudas, doncellas pobres y necesitados, y por su particular devoción navideña, centrada en el Niño Jesús. Paralelamente se desarrolla una trama de honor: un caballero ausente, Pedro de Santisteban, vuelve a su casa y sospecha de su mujer al encontrar en ella a un galán, Diego, amante introducido durante la ausencia del marido. La situación se complica porque la esposa ha dado a luz o cría un niño cuya presencia parece comprometer su honra. En medio de la violencia y la confusión, Francisco interviene con prudencia y autoridad moral: recibe el niño, escucha a las partes, contiene al marido y ayuda a deshacer el equívoco o, al menos, a evitar un desenlace sangriento. Al mismo tiempo reprende al galán, que acaba reconociendo su culpa y mostrando propósito de enmienda. Así, el hermano Francisco no solo socorre cuerpos en el hospital, sino que también restablece la paz moral de quienes lo rodean.
La acción culmina con la plena consagración pública del protagonista como santo varón. Se recuerda su origen pastoril y humilde, y se enumeran sus obras de misericordia: alimentar pobres, dotar doncellas, favorecer estudiantes, acoger menesterosos y celebrar cada año una gran fiesta del Niño Jesús en el hospital. También se alude a su decisión de abrazar una vida todavía más austera como carmelita descalzo, lo que causa pesar en Alcalá. En la tercera jornada su figura aparece ya unida a la monarquía y a la alta nobleza, en un marco que incluye Valencia y la corte de Felipe III y doña Margarita, prueba del alcance de su fama. Allí su compañero y otros personajes ponderan su humildad y sus milagros, mientras Lucifer y la Soberbia, convertidos en antagonistas explícitos, se lamentan de no poder vencerlo. Francisco expulsa al demonio con la sola fuerza de su inocencia y de su íntima relación con el Niño Jesús, al que cuida, canta y trata con familiar ternura. El desenlace insiste en que su poder procede de la caridad, la pobreza y la humildad, y fija la imagen del antiguo zagal simple como intercesor de pobres, vencedor del mal y modelo de santidad popular del Siglo de Oro.