La obra se abre con una disputa alegórica entre la Nobleza, la Milicia y el Estado eclesiástico, que se disputan el honor de celebrar a Ignacio de Loyola como gloria propia. Cada uno reivindica un aspecto de su figura: su linaje hidalgo, su valentía militar y su futura vinculación religiosa. Tras este prólogo encomiástico, la acción se traslada al asedio de Pamplona, donde Ignacio aparece como soldado valeroso en la defensa de la plaza frente a los franceses. Herido gravemente en una pierna por una bala de artillería, sigue combatiendo con energía extrema hasta que es reducido y tratado con respeto por un capitán enemigo, que reconoce su valor. Devuelto a su entorno familiar, sufre una curación muy dolorosa que confirma su fortaleza física y moral. Durante la convalecencia, primero se muestra inclinado a lecturas caballerescas, pero en su lugar recibe libros devotos, entre ellos vidas de santos y un tratado de desprecio del mundo. Esa lectura provoca en él una profunda mudanza interior: comprende la vanidad de sus antiguos deseos, se siente llamado a imitar a Cristo y a los santos, y vence, con ayuda de visiones de la Virgen, del Niño Jesús y de la alegoría de la Fortaleza, las tentaciones del Mundo, la Carne y el Demonio.
Ya decidido a abandonar su antigua vida, Ignacio se despide con emoción de su patria, de sus hermanos y de sus servidores, entre ellos el fiel Juancho y Gonzalo. En el camino hacia su nueva existencia de peregrino, se encamina a Montserrat, donde deposita sus armas ante la imagen de la Virgen y vela durante la noche, dejando atrás simbólicamente su condición de caballero mundano para vestirse con hábito pobre y abrazar la penitencia. La obra resume después, mediante personajes alegóricos, sus austeridades en Manresa y su peregrinación a Jerusalén, subrayando ayunos, disciplinas, oración prolongada, mendicidad y éxtasis. Más tarde comienza sus estudios, primero de forma humilde y trabajosa, mientras el Demonio intenta distraerlo y las autoridades sospechan de su modo de hablar de cosas espirituales sin formación suficiente. Es encarcelado en Alcalá y sometido a examen, pero resulta absuelto; se le impone tan solo la cautela de no enseñar teología sin los estudios requeridos y se le manda vestir sotana y bonete. Prosigue entonces su formación en Salamanca y, sobre todo, en París, donde atrae a compañeros decisivos como Laínez, Salmerón, Javier y otros estudiantes españoles. Su prestigio espiritual suscita a la vez conversiones, admiración y resistencias: incluso cuando algunos maestros intentan afrentarle públicamente con azotes, su humildad y paciencia conmueven a todos y convierten la humillación en triunfo moral.
En la tercera jornada, Ignacio y sus compañeros llegan a Roma, centro definitivo de su misión. Allí recibe una visión de Cristo con la cruz a cuestas, que le promete serle propicio en Roma y le encomienda llevar su nombre por el mundo; de este episodio nace el sentido de la futura Compañía de Jesús. Aunque Ignacio rehúsa por humildad las dignidades, acaba aceptando por obediencia el gobierno de la nueva orden, cuyos miembros profesan los votos religiosos y se organizan para defender a la Iglesia frente a la herejía, especialmente la luterana. La obra concede además gran relieve a la expansión misionera: una figura alegórica de la Gentilidad pide operarios para tierras remotas, y Javier es enviado a Portugal y al Oriente, presentado como apóstol destinado a convertir innumerables almas. Finalmente, ya anciano y consumido por el deseo de Dios, Ignacio recibe anuncio angélico de su próxima muerte y del crecimiento futuro de su instituto por muchas provincias. Muere santamente en Roma pronunciando un último soneto al nombre de Jesús, mientras sus hijos espirituales lloran y celebran a la vez su tránsito. En el desenlace apoteósico, su alma asciende al cielo entre palma, corona y música; Cristo y la Virgen lo reciben, y Logroño y otras ciudades españolas celebran su triunfo, cerrando la comedia con la glorificación celestial del santo y de su obra religiosa.