La obra comienza con la expedición de don Gonzalo Pizarro y Francisco de Caravajal por las regiones orientales del Perú, en el ámbito del Marañón, durante la búsqueda de la canela y de nuevas tierras. En ese espacio remoto se enfrentan con una república de amazonas que rechaza la presencia masculina y vive regida por leyes propias, antiguas y crueles. Menalipe, principal figura de ese mundo femenino, combate con Gonzalo, pero pronto transforma la hostilidad en admiración amorosa al reconocer su fama, su linaje y sus hazañas. A su vez, Martesia, hermana de Menalipe y sacerdotisa dotada de saberes mágicos y proféticos, manifiesta un interés paralelo por Caravajal. Menalipe explica extensamente el origen legendario de las amazonas, su traslado desde la tradición escita hasta las Indias, sus costumbres guerreras y su radical exclusión de los hombres, aunque se muestra dispuesta a abolir esas normas si Gonzalo acepta casarse con ella y quedarse en su reino. El conquistador, agradecido y atraído, rehúsa sin embargo esa oferta porque se debe a su rey, a su hermano el marqués y a la obligación de regresar con sus hombres a Quito. Menalipe, dolida, le advierte de futuras traiciones y desgracias si vuelve al Perú, mientras en otro plano dramático se presenta la ambición de Diego de Almagro el Mozo y el conflicto político surgido tras la muerte del marqués Francisco Pizarro, con lo que la acción enlaza la aventura maravillosa con las guerras civiles del Perú.
La segunda parte se centra en las consecuencias políticas de esos conflictos. Tras la derrota y ejecución de Diego de Almagro en Chupas, Vaca de Castro restaura provisionalmente el orden y recibe a Gonzalo Pizarro, cuya jornada por la canela es narrada con detalle por Caravajal. Ese relato describe hambres extremas, terremotos, volcanes, lluvias incesantes, animales dañinos, pasos por los Andes, el hallazgo de los árboles de canela y la construcción de un bergantín que Orellana termina robando con hombres, oro y provisiones. En medio de esas penalidades vuelven a aparecer las amazonas: Menalipe y Martesia se enamoran de Gonzalo y de Caravajal, les ofrecen matrimonio y reino, y finalmente les permiten partir. Ya de regreso al ámbito peruano, Gonzalo se retira a Las Charcas con intención de vivir en paz, mientras Vaca de Castro y otros personajes reconocen que el marqués le había designado sucesor en el gobierno. Paralelamente, Menalipe, consumida por la ausencia, pide a Martesia que la lleve por medios mágicos a ver de nuevo a su amado. Cuando llega el virrey Blasco Núñez Vela para imponer las Nuevas Leyes y limitar las encomiendas, se desencadena un nuevo conflicto: los conquistadores temen perder sus indios y su posición, y varias ciudades del Perú piden a Gonzalo que encabece la resistencia. Él se resiste al principio por lealtad al rey y por deseo de no parecer rebelde, pero la situación se agrava cuando se le informa de los rigores del virrey y del agravio sufrido por su sobrina doña Francisca Pizarro, pieza clave de la sucesión familiar. Ese ultraje, unido a la defensa de su honra, de su derecho y de la estabilidad del reino, termina sacándolo de su retiro.
En la jornada final Gonzalo acepta ponerse al frente del movimiento apoyado por ciudades, audiencia y capitanes, aunque insiste en que su intención no es rebelarse contra el monarca, sino defender su honor, sus derechos y el bien del Perú. Caravajal persigue al virrey, mientras Martesia y Menalipe, llegadas de nuevo desde su reino, intentan salvar a Gonzalo apartándolo de la guerra y ofreciéndole un imperio alternativo en las tierras amazónicas, rico en metales y libre de la envidia española. Caravajal escucha esos ruegos, pero la acción militar se impone. Blasco Núñez, tras escapar del embarque ordenado por la Audiencia, reúne fuerzas en el norte; sin embargo, su severidad provoca nuevas deserciones, y finalmente es vencido y muerto por los partidarios de Gonzalo. Después de esta victoria, Caravajal propone a Gonzalo dar un paso decisivo y coronarse rey del Perú, fundando una monarquía propia con títulos, rentas y nueva nobleza. Esa tentación política constituye el momento crucial de la obra: Gonzalo rechaza con indignación la corona, prefiere perderlo todo antes que manchar su fidelidad y proclama que quiere que España sepa que muere antes por no ofender al rey. Pese a esa declaración, se anuncia su ruina futura, debida a la traición de los aduladores y a los designios del destino. Menalipe y Martesia lamentan que no haya seguido sus avisos y anuncian que su fin será la degollación ordenada por el presidente. La obra concluye, así, con una imagen trágica de don Gonzalo Pizarro: gran capitán, víctima de la Fortuna, de la ingratitud de los suyos y de una historia que desmiente las apariencias de ambición regia al insistir en su inocencia y en su negativa a coronarse.