La obra se sitúa en el reino de Valencia durante la crisis de las Germanías y comienza con la llegada del conde de Melito, nuevo virrey, que se detiene en Cuarte antes de entrar en la ciudad. Allí recibe de don Diego Hurtado de Mendoza, marqués de Cenete, una extensa relación de los disturbios: la tensión entre nobleza, pueblo y moriscos, la difusión de profecías y prodigios, y sobre todo la aparición misteriosa de un hombre llamado el Encubierto, a quien muchos plebeyos tienen por santo o profeta. Este personaje ha excitado la agitación popular y ha contribuido a que la germanía se arme contra moriscos y nobles. El virrey duda entre entrar públicamente o con cautela, pero decide avanzar. Mientras tanto, en los alrededores de Cuarte se entrecruzan varias intrigas amorosas y políticas: el marqués pretende visitar secretamente a Laura, hija de Guillén Sorolla, mientras Flora, antigua amada suya en la corte, lo ha seguido a Valencia movida por celos y deseo de venganza. En la oscuridad nocturna, el virrey y el marqués sufren el ataque de una figura monstruosa y desconocida; don Diego queda herido y el marqués se extravía, en una atmósfera de confusión que refuerza el aura sobrenatural del Encubierto.
La segunda línea de acción se concentra en la casa y el jardín de Guillén Sorolla, personaje principal entre los agermanados. Laura espera al marqués con promesa de matrimonio, pero su padre, sospechando una deshonra, descubre la cita y sale embozado al jardín dispuesto a matar al seductor. Sin embargo, en la refriega nocturna no hiere al marqués, sino al extraño salvaje que había llegado allí para buscarlo y vengarse de él. Sorolla lo encierra y lo cura, y poco a poco llega a creer que ese hombre feroz puede ser el mismo Encubierto providencial que espera el pueblo. El desconocido se resiste a revelar su identidad, aunque demuestra un saber sorprendente y anuncia la presencia del virrey en Cuarte. Laura, al abrir la estancia donde está oculto el herido, descubre con espanto a ese personaje bárbaro, que le advierte del peligro que corre su padre y le asegura que el marqués ama en realidad a Flora. Por su parte, Flora, disfrazada y movida por los celos, urde nuevos engaños para apartar al marqués de Laura. Finalmente, Sorolla reúne gente armada y exige al desconocido que se identifique; entonces el supuesto Encubierto declara ante todos ser don Enrique Enríquez, nieto del príncipe don Juan e hijo, según su relato, de la línea de los Reyes Católicos, ocultado al nacer por una conjura cortesana para favorecer la sucesión de Carlos. Cuenta que fue salvado de niño, criado humildemente y luego inducido por visiones y falsas revelaciones a reclamar la corona, así como a perseguir al marqués de Cenete por una antigua afrenta amorosa relacionada con Flora.
En la tercera jornada, la crisis política llega a su punto culminante. Laura y Flora siguen errando por el monte y sus equívocos amorosos terminan cruzándose con la guerra civil incipiente. Don Enrique, ya aceptado por muchos como caudillo, es puesto al frente de la germanía y baja hacia Valencia, mientras el virrey y el marqués intentan salvar la ciudad aguardando la entrada secreta del rey Carlos. El marqués llega a enfrentarse con don Enrique y, aunque primero cree haber alcanzado su venganza, acaba encerrándolo en su aposento para entregarlo o contenerlo. Entretanto, Sorolla comparece ante el virrey al frente del pueblo alborotado, pero se aquieta al saber que el rey ha entrado en Valencia y al recibir promesa de justicia. Cuando se descubre que el supuesto Encubierto se proclama rey legítimo, el conflicto alcanza una dimensión directamente política y dinástica. Al final, ante el rey Carlos, don Enrique, herido de muerte y desengañado, confiesa que toda su pretensión nació de un engaño: reconoce no tener certeza de su sangre, admite que fuerzas demoníacas o ilusiones engañaron a su supuesto padre y a él mismo, y renuncia a la falsa realeza. Pide el bautismo, afirma la verdad del cristianismo y muere reconciliado con la fe. Carlos perdona a Valencia, confirma al virrey en su cargo y decide llevar consigo al marqués, mientras la comedia cierra no con bodas, sino con la muerte bautizada del protagonista, convertida en una resolución religiosa y política.